Pada 2 Juai 2006, semasa pilihan raya , Institut Pilihan Raya Persekutuan (IFE) mengumumkan bahawa pilihan raya itu tidak sesuai hari yang tidak sesuai dan pengundi tidak dapat keluar mengundi. Walau bagaimanapun, keesokan harinya, Felipe Calderón telah mendahului dengan majoriti kecil 1,04%.

IFE melarang calon mengumumkan diri sebagai pemenang, memilih presiden, atau presiden tapi dibantah.Obrador López mula-mula sekali mengisytiharkan bahawa dia telah memenangi pilihan raya itu. Selepas itu Calderón mengumumkan kemenangan.

Pada 6 Julai 2006, Institut Pilihan Raya Persekutuan mengumumkan bilangan undi rasmi dalam Pilihan raya Presiden 2006 iaitu perbezaan hanya 0,58% untuk Calderón ke atas pencabar terdekat, Andrés Manuel López Obrador .López Obrador menuntut pengiraan semula. Akhirnya, Tribunal Pilihan Raya Persekutuan memutuskan kiraan semula tidak perlu dan tidak berasas.

Pada 5 September, 2006, walaupun Tribunal Pilihan Raya Persekutuan mengakui kewujudan penyelewengan dalam pilihan raya itu, Calderón, dipilih sebulat suara sebagai presiden .Kesimpulan ,dakwaan penyelewengan tanpa bukti cukup dan tidak boleh dirayu.